Als Stammvater der Familie Habsburg wird, nach aktuellem Stand der Geschichtsschreibung, Guntram der Reiche (gest. 984-990) angesehen, der im 10. Jahrhundert im Schweizer Kanton Aargau gelebt haben und aus dem Elsass stammen soll. Guntram war Herr von Muri, Graf im Breisgau und verfügte über große Besitzungen am Oberrhein und im Aargau. Sein Enkel, Radbot (geb. 970-980) gründete mit seiner Frau Ita von Lothringen das einflussreiche Kloster Muri und ließ gemeinsam mit seinem Bruder Bischof Werner von Straßburg (gest. 1028) die Habichtsburg im Aargau, die auch heute noch besichtigt werden kann, errichten. Als erster Graf von Habsburg tritt Otto II. (gest. 1111) in Erscheinung.

Mit Graf Rudolf IV. (1218-1291) wurde am 29. September 1273 in Frankfurt erstmals ein Habsburger zum römisch-deutschen König gewählt. Diese Wahl beendete das Interregnum im Heiligen Römischen Reich und brachte erhebliche Veränderungen für die habsburgische Dynastie mit sich. Rudolf gelang es zwar mit der Übernahme der kyburgischen Erbschaft das Herrschaftsgebiet seiner Familie erheblich auszubauen, durch seine Reichspolitik war er jedoch gezwungen sich auch Gebieten weiter im Osten zuzuwenden. 

Die nachfolgenden Jahrhunderte sind geprägt von immer wieder aufbrechenden Konflikten, die in der Geschichtsschreibung als Schweizer Habsburgerkriege (1291-1511) zusammengefasst werden und in deren Verlauf die Familie Habsburg aus der Eidgenossenschaft schrittweise verdrängt wurde. Den Abschluss bildete der zweite, am 7. Februar 1511 mit Kaiser Maximilian I. (1459-1519) geschlossene Vertrag, der sogenannten „Erbeinung“, der auch keine militärischen Hilfsverpflichtungen der Eidgenossen gegenüber dem Kaiser mehr enthielt. Eine Erbeinigung mit allen Drei Bünden folgte schließlich im Jahr 1518.